Setelah kekalahan Myouri Unzen di tangan Medaka Kurokami dan OSISnya, kedamaian telah kembali ke Akademi Hakoniwa—setidaknya, untuk sementara waktu. Tak lama kemudian, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, dan Mogana Kikaijima mendapati diri mereka terlibat dalam skema jahat lainnya, yang dikenal sebagai "Rencana Labu", yang dipimpin oleh kepala sekolah sendiri. Namun, masalah pertama dewan adalah berurusan dengan sekelompok siswa manusia super baru yang menyebut diri mereka "Partai Tiga Belas", yang dipimpin oleh Oudo Miyakonojou yang egois namun berkuasa. Dengan Flask Plan yang misterius, tirani Oudo, dan kemunculan kembali musuh lama, keadaan Akademi Hakoniwa jauh dari kata tenang, dan Medaka serta teman-temannya sibuk bekerja karena keadaan menjadi semakin tidak normal.