Medaka Kurokami, dalam arti sebenarnya, sempurna. Cantik, cerdas, dan atletis, impian Medaka adalah membuat orang lain bahagia. Jadi ketika dia mencalonkan diri sebagai Ketua OSIS di Akademi Hakoniwa yang bergengsi, kemenangan dalam pemilihan dengan 98% suara sudah bisa diduga. Hal pertama yang dilakukan presiden baru yang riuh itu adalah menyiapkan "Kotak Medaka", sebuah kotak saran yang memungkinkan siswa mengajukan segala jenis permintaan bantuan. Bersama dengan Zenkichi Hitoyoshi yang sinis, teman masa kecilnya yang sangat bersedia membantu, Medaka memenuhi permintaan ini dengan kecepatan yang konyol. Untuk setiap pekerjaan yang diselesaikan, dia menambahkan bunga ke ruang OSIS, dengan tujuan memenuhi seluruh sekolah. Namun, keduanya akan menyadari bahwa membantu orang lain mungkin jauh lebih sulit daripada yang mereka kira ketika mereka mulai mengungkap rencana menghancurkan yang berpusat pada akademi dan bahkan Medaka sendiri!