Youkoso Jitsuryoku Shijou Shugi no Kyoushitsu e Season 2 atau dikenal Classroom of the Elite 2nd Season musim kedua melanjutkan cerita pada season sebelumnya. Menceritakan Kehidupan kembali di kapal pesiar setelah Ujian Khusus Pulau sama sekali bukan pelayaran yang mulus. Hampir segera setelah mereka kembali, siswa tahun pertama dari Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School kembali menghadapi ujian khusus, dengan mempertaruhkan poin kelas dan individu. Selain aturan yang rumit, lebih banyak masalah muncul dalam bentuk Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil tes sebelumnya, Ryuuen sangat ingin mengalahkan setiap kelas dalam tantangan baru menggunakan segala cara yang diperlukan. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting Kelas D, hampir runtuh di bawah tekanan masa lalunya. Panggung sekarang diatur untuk Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi — menggunakan sepenuhnya perencanaan, pandangan ke depan, dan manipulasinya yang kejam — mengarahkan Kelas D menuju kemenangan saat pasukan musuh yang sangat dekat mencoba menjatuhkannya.