Shuumatsu no Harem, Menceritakan Reito Mizuhara adalah seorang mahasiswa kedokteran di Sekolah Kedokteran Lanjutan Nasional di Tokyo yang mengidap penyakit langka dan mematikan yang disebut sklerosis seluler. Untuk dirawat, dia ditidurkan kriogenik selama lima tahun. Setelah bangun, dia mengetahui bahwa setahun setelah tidurnya, pandemi di seluruh dunia pecah, disebabkan oleh novel Pembunuh Pria (MK) virus yang secara eksklusif menyerang pria dan telah membunuh semua pria lain di Bumi. Untungnya, Reito dan empat pria lainnya selamat selama cryosleep mereka dan sekarang kebal terhadap virus. Sebagai satu-satunya pria yang tersisa di dunia, mereka ditugaskan untuk kawin dengan wanita sebanyak mungkin untuk mengisi kembali planet ini. Namun, Reito berkomitmen pada teman masa kecilnya dan satu-satunya kekasihnya, Elisa Tachibana—hanya untuk mengetahui bahwa dia menghilang tiga tahun lalu. Sementara laki-laki yang selamat lainnya beradaptasi sesuai dengan dunia baru ini, Reito malah memilih untuk mengejar Elisa, melawan godaan yang tak ada habisnya, dan menyelidiki virus misterius ini.