Dr. Stone: New World Part 2 atau Dr. Stone 3rd Season Part 2 Bertahun-tahun yang lalu, astronot Byakuya meninggalkan material berharga dengan keyakinan bahwa putranya, Senkuu yang berbakat secara ilmiah, suatu hari akan menemukannya. Saat ini, Kohaku dan Ginrou dari Kerajaan Sains telah menyusup ke harem pemimpin Kerajaan Petrifikasi dengan bantuan Amaryllis, seorang gadis lokal. Pada awalnya, misi mereka berjalan tanpa hambatan. Sayangnya, kesalahan yang dilakukan oleh Kohaku dan Ginrou membuat Menteri Ibara dan prajurit terkuat di pulau itu, Moz, mengidentifikasi duo pengganggu itu sebagai musuh. Lebih buruk lagi, Moz membuntuti Amaryllis ketika dia kembali untuk memberi tahu Senkuu tentang berita tersebut, dan menemukan tempat persembunyian rahasia ilmuwan tersebut. Namun, agenda Moz tidak sejalan dengan agenda Ibara—dia ingin melengserkan menteri dan menyimpan alat pembatu itu untuk dirinya sendiri. Jika Senkuu memainkan kartunya dengan benar, dia bisa mendapatkan sekutu yang kuat dan memenangkan perang untuk selamanya.